Congés maladie fonction publique : droits, obligations et rémunération

Mis à jour le 25/04/2025

Les congés maladie dans la fonction publique (CMO, CLM, CLD) offrent une protection indispensable aux agents publics en cas d’incapacité de travail prolongée. Ces dispositifs, régis par des règles spécifiques, varient selon la durée du congé, le statut de l’agent (titulaire, stagiaire, contractuel), son temps de travail (temps plein ou partiel), et son administration (État, hospitalière, territoriale).

Découvrez dans cet article vos droits, vos obligations, et les conditions de rémunération, ainsi que des conseils pratiques pour bien gérer ces congés maladie dans la fonction publique.

1. Types de congés de maladie dans la fonction publique et leurs spécificités

Congé de Maladie Ordinaire (CMO)

Conditions d’accès

• Le CMO est destiné aux maladies courantes qui empêchent l’agent de travailler temporairement.
• Pour bénéficier de ce congé maladie dans la fonction publique, vous devez transmettre votre arrêt de travail à l’administration dans les 48 heures.
• Seuls les volets 2 et 3 de l’arrêt de travail doivent être envoyés à l’administration, conformément au secret médical.

Durée maximale

• Jusqu’à 12 mois consécutifs, renouvelable avec un nouvel avis médical.
• Si l’état de santé nécessite une prolongation, elle doit être justifiée par un nouvel avis médical.

Rémunération Fonction Publique d’état

Vous percevez 90 % de votre traitement indiciaire brut pendant pendant 3 mois, puis la moitié de votre traitement indiciaire pendant 9 mois.

Les droits à 90 % ou à 50 % de votre traitement indiciaire sont décomptés, pour chaque jour d’arrêt de travail, en fonction des jours d’arrêt à 90 % ou à 50 % déjà accordés au cours des 12 mois précédents.

Chaque arrêt de travail fait l’objet d’un jour de carence non rémunéré

Toutefois, le jour de carence ne s’applique pas lors du 2^e arrêt de travail si vous n’avez pas repris le travail plus de 48 heures entre 2 congés de maladie accordés pour la même affection.

Il en est ainsi :

• Lorsque le nouvel arrêt de travail prolonge l’arrêt précédent et que le médecin prescripteur a coché la case prolongation
• Ou quand vous tentez de reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l’obligation de vous arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard
• Ou lorsque vous n’avez pas pu consulter votre médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end pour des raisons indépendantes de votre volonté.

Le nouvel arrêt est considéré comme une rechute et une prolongation, puisqu’il n’y a pas eu disparition de la cause de l’arrêt initial.

Le délai de 48 heures, décompté en jours calendaires, commence à courir à partir du 1^er jour qui suit le dernier jour de votre arrêt de travail initial.

Les autres éléments de rémunération sont versés dans les conditions suivantes :

Rémunération Fonction Publique Territoriale

Vous percevez 90 % de votre traitement indiciaire brut pendant pendant 3 mois, puis la moitié de votre traitement indiciaire pendant 9 mois.

Les droits à 90 % ou à 50 % de votre traitement indiciaire sont décomptés, pour chaque jour d’arrêt de travail, en fonction des jours d’arrêt à 90 % ou à 50 % déjà accordés au cours des 12 mois précédents.

Chaque arrêt de travail fait l’objet d’un jour de carence non rémunéré.

Toutefois le jour de carence ne s’applique pas lors du 2^e arrêt de travail si vous n’avez pas repris le travail plus de 48 heures entre 2 congés de maladie accordés pour la même affection.

Il en est ainsi :

• Lorsque le nouvel arrêt de travail prolonge l’arrêt précédent et que le médecin prescripteur a coché la case prolongation
• Ou quand vous tentez de reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l’obligation de vous arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard
• Ou lorsque vous n’avez pas pu consulter votre médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end pour des raisons indépendantes de votre volonté.

Le nouvel arrêt est considéré comme une rechute et une prolongation puisqu’il n’y a pas eu disparition de la cause de l’arrêt initial.

Le délai de 48 heures, décompté en jours calendaires, commence à courir à partir du 1^er jour qui suit le dernier jour de votre arrêt de travail initial.

Les autres éléments de rémunération sont versés dans les conditions suivantes :

Rémunération Fonction Publique Hospitalière

Vous percevez 90 % de votre traitement indiciaire brut pendant pendant 3 mois, puis la moitié de votre traitement indiciaire pendant 9 mois.

Les droits à 90 % ou à 50 % de votre traitement indiciaire sont décomptés, pour chaque jour d’arrêt de travail, en fonction des jours d’arrêt à 90 % ou à 50 % déjà accordés au cours des 12 mois précédents.

Chaque arrêt de travail fait l’objet d’un jour de carence non rémunéré.

Toutefois, le jour de carence ne s’applique pas lors du 2^e arrêt de travail si vous n’avez pas repris le travail plus de 48 heures entre 2 congés de maladie accordés pour la même affection.

Il en est ainsi :

• Lorsque le nouvel arrêt de travail prolonge l’arrêt précédent et que le médecin prescripteur a coché la case prolongation
• Ou quand vous tentez de reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l’obligation de vous arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard
• Ou lorsque vous n’avez pas pu consulter votre médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end pour des raisons indépendantes de votre volonté.

Le nouvel arrêt est considéré comme une rechute et une prolongation puisqu’il n’y a pas eu disparition de la cause de l’arrêt initial.

Le délai de 48 heures, décompté en jours calendaires, commence à courir à partir du 1^er jour qui suit le dernier jour de votre arrêt de travail initial.

Les autres éléments de rémunération sont versés dans les conditions suivantes :

Congé de Longue Maladie (CLM)

Conditions d’accès

Le CLM est accordé pour des pathologies graves nécessitant un arrêt prolongé, sur avis favorable du conseil médical.

Durée 

Le CLM peut durer jusqu’à 3 ans 

Rémunération Fonction Publique d’État 

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

Si vous êtes placé en CLM à la suite d’une demande présentée au cours d’un congé de maladie , les primes et indemnités qui vous ont été versées pendant votre congé de maladie vous restent acquises.

Ces primes et indemnités ne sont pas cumulables avec celles qui vous sont dues pendant votre congé de longue maladie.

Rémunération Fonction Publique Territoriale

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

Rémunération Fonction Publique Hospitalière 

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

À savoir  

Les honoraires et les autres frais médicaux résultant des examens demandés par votre administration, les honoraires de médecin agréé et les frais éventuels de transport pour vous rendre à ces examens sont pris en charge par votre administration. La prise en charge des frais de transport est assurée sur présentation de justificatifs permettant de vérifier qu’ils sont nécessaires et en lien avec les examens médicaux réalisés.

Protection du poste

• Le poste est garanti pendant la durée du CLM. À l’issue du congé, l’agent est réintégré dans son poste initial ou dans un poste équivalent.

Congé de Longue Durée (CLD)

Conditions d’accès

Le CLD concerne des pathologies graves et dégénératives, telles que : Affection cancéreuse, déficit immunitaire grave et acquis, maladie mentale, tuberculose, poliomyélite.

L’accès au CLD doit être demandé dans l’année suivant le début du CLM, sous réserve de l’avis favorable du conseil médical.

Durée

Le CLD peut durer jusqu’à 5 ans

Rémunération Fonction Publique d’État 

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

Si vous êtes placé en CLD à la suite d’une demande présentée au cours d’un congé de longue maladie (CLM ou d’un congé de maladie, les primes et indemnités qui vous ont été versées pendant votre CLM ou votre congé de maladie vous restent acquises.

Perte de la protection du poste en CLD

En cas de passage en CLD, l’agent peut perdre son poste, même si son lien avec l’administration et son statut sont maintenus. L’administration peut pourvoir le poste de manière définitive. À la fin du CLD, l’agent peut être réintégré dans un autre poste, selon les besoins et disponibilités du service.

Rémunération Fonction Publique Territoriale

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

Rémunération Fonction Publique Hospitalière

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

À savoir  

Les honoraires et les autres frais médicaux résultant des examens demandés par votre administration, les honoraires de médecin agréé et les frais éventuels de transport pour vous rendre à ces examens sont pris en charge par votre administration. La prise en charge des frais de transport est assurée sur présentation de justificatifs permettant de vérifier qu’ils sont nécessaires et en lien avec les examens médicaux réalisés.

Réintégration

À l’issue du CLD, la réintégration dans l’administration n’est pas automatique. Voici les principales situations possibles :

1. Réintégration dans un autre poste :
   • L’administration doit rechercher un poste correspondant à votre grade, vos compétences, et vos capacités physiques ou mentales, telles qu’évaluées par le conseil médical.
   • Le poste proposé peut être situé dans un autre service ou dans une autre localité.
2. Absence de poste disponible :
   • Si aucun poste n’est immédiatement disponible, l’agent peut demander un examen de sa situation par le conseil médical.
   • Cet examen a pour objectif d’évaluer les capacités de l’agent à reprendre un emploi et de proposer des solutions adaptées (réorientation, reclassement, ou retraite pour invalidité si la reprise est jugée impossible).

Rôle du conseil médical

• Le conseil médical joue un rôle clé dans l’évaluation de votre aptitude à reprendre un poste. Il peut recommander :
  • Une réintégration avec des aménagements spécifiques du poste de travail,
  • Une reprise progressive sous forme de temps partiel thérapeutique,
  • Ou, en dernier recours, une mise à la retraite pour invalidité.

Mesures en cas de réintégration différée

• Si aucun poste ne vous est attribué, l’administration vous verse une rémunération équivalente à celle que vous perceviez pendant le CLD, soit 60 % de votre traitement indiciaire, lorsque cela s’applique.

2. Spécificités selon le temps de travail pour les congés maladie dans la fonction publique

Agents travaillant plus de 28 heures par semaine

Si vous travaillez plus de 28 heures par semaine, vous relevez du régime spécial de la fonction publique. Ce régime vous garantit l’accès aux Congés de Maladie Ordinaire (CMO), de Longue Maladie (CLM), et de Longue Durée (CLD). Vous bénéficiez également de droits complets, notamment en matière de rémunération et de protection de votre poste.

Agents travaillant moins de 28 heures par semaine

Vous êtes affilié au régime général de la Sécurité sociale si vous travaillez moins de 28 heures par semaine. Toutefois, votre administration doit compléter votre rémunération pour vous garantir un salaire équivalent à celui d’un agent à temps plein pendant un Congé de Longue Maladie (CLM) ou un Congé de Longue Durée (CLD).

3. Obligations des agents en congés maladie dans la fonction publique

Les agents en congé maladie doivent respecter les obligations suivantes :

• Respecter les horaires de présence à domicile, sauf en cas d’autorisation médicale pour sorties libres.
• Se soumettre aux contrôles médicaux éventuels.
• Informer l’administration en cas de séjour hors département ou à l’étranger.
• Transmettre les prolongations d’arrêt dans un délai de 48 heures.

Non-respect : Toute infraction à ces règles peut entraîner une suspension de la rémunération.

4. Congés annuels et RTT pendant les congés maladie dans la fonction publique

• Congés payés : Les jours d’arrêt maladie sont considérés comme des jours travaillés. Cela signifie que vous continuez à accumuler des congés payés pendant la durée de votre congé maladie, tout comme dans le secteur privé.
  Pour en savoir plus sur l’accumulation et l’utilisation des congés payés dans le privé, consultez notre article dédié aux congés maladie dans le secteur privé.
• Report des congés : Les congés annuels non pris en raison d’un arrêt maladie peuvent être reportés.
• RTT : Les jours de réduction du temps de travail (RTT) ne s’accumulent pas pendant un congé maladie.

5. Temps partiel thérapeutique

Qu’est-ce que le temps partiel thérapeutique ?

Le temps partiel thérapeutique est une mesure permettant à un agent public de reprendre son activité professionnelle de manière progressive après un Congé de Maladie Ordinaire (CMO), un Congé de Longue Maladie (CLM) ou un Congé de Longue Durée (CLD).

Cette reprise adaptée a pour objectif de concilier la poursuite des soins ou la convalescence de l’agent avec son retour à l’emploi, tout en assurant une transition en douceur vers une reprise complète de l’activité.

Conditions pour bénéficier d’un temps partiel thérapeutique

1. Obtenez un avis médical favorable

   Votre médecin traitant ou le médecin du travail doit attester que le temps partiel thérapeutique est indispensable pour favoriser votre rétablissement. Cet avis médical confirme que travailler à temps partiel est adapté à votre état de santé et facilite votre récupération.

2. Faites valider votre demande par l’administration

   L’administration, en collaboration avec le médecin du travail, examine votre demande et valide la mise en place du temps partiel thérapeutique. Elle adapte le volume horaire et l’organisation du travail pour correspondre à vos capacités.

3. Respectez la durée déterminée

   Le temps partiel thérapeutique est accordé pour une période définie. Cette période peut être renouvelée en fonction de l’évolution de votre état de santé et des avis médicaux actualisés.

Modalités de fonctionnement

1. Durée de travail :
   • Vous travaillez à temps partiel avec une durée adaptée à vos capacités. Par exemple, vous pouvez opter pour un rythme de 50 %, 60 %, ou une autre proportion de votre temps plein habituel.
2. Traitement proportionnel :
   • Votre rémunération correspond au prorata de votre temps de travail. Si vous travaillez à 50 %, vous percevez 50 % de votre traitement indiciaire.
3. Complément de rémunération :
   • Vous pouvez recevoir un complément financier dans certaines situations :
     • Lorsque vous êtes en arrêt maladie de longue durée (CLM ou CLD), l’administration compense la part non travaillée grâce à l’indemnisation prévue pour votre arrêt.
     • De plus, selon les règles de votre administration, vous pouvez recevoir un complément de prévoyance ou des indemnités journalières pour réduire la perte de revenus.

Avantages du temps partiel thérapeutique

1. Reprise progressive et encadrée :
   • Le dispositif permet à l’agent de retrouver ses repères professionnels sans contrainte excessive.
2. Maintien du suivi médical :
   • L’agent peut poursuivre ses soins ou sa rééducation tout en reprenant une activité.
3. Préservation du lien avec le travail :
   • Cela limite les risques de désocialisation ou de rupture prolongée avec l’environnement professionnel.
4. Flexibilité pour l’employeur :
   • L’administration peut ajuster l’organisation du travail pour répondre aux besoins de l’agent tout en maintenant une continuité de service.

Points importants à retenir

1. Formulez votre demande de temps partiel thérapeutique

   Vous devez personnellement adresser votre demande de temps partiel thérapeutique à votre administration. Joignez à votre demande un certificat médical justifiant la nécessité de ce dispositif.

2. Déterminez la durée et demandez un renouvellement si nécessaire

   Votre administration fixe la durée de votre temps partiel thérapeutique en fonction de votre état de santé. Vous pouvez demander un renouvellement si un avis médical favorable le justifie.

3. Comprenez la liberté de décision de l’administration

   Votre administration peut refuser de mettre en place un temps partiel thérapeutique si elle considère que cela perturberait le fonctionnement du service. Ce dispositif reste donc soumis à sa validation.

4. Participez aux évaluations régulières

   Le médecin du travail et votre administration évaluent régulièrement l’efficacité et la pertinence de votre temps partiel thérapeutique. Ces évaluations garantissent que le dispositif reste adapté à vos besoins et à ceux de l’organisation.

6. Conseils pratiques pour gérer les congés maladie dans la fonction publique

1. Faites-vous accompagner

Naviguer dans les démarches administratives liées aux congés de maladie peut parfois s’avérer complexe. Vous avez le droit de demander conseil et assistance auprès de plusieurs interlocuteurs :

• Un conseiller en ressources humaines (RH) :
  Il peut vous aider à comprendre vos droits, à remplir vos documents administratifs et à respecter les procédures spécifiques de votre administration.
• Un syndicat :
  Les syndicats jouent un rôle de soutien juridique, administratif et moral pour sécuriser les droits de l’agent et garantir un traitement équitable pendant et après un congé maladie.
• Le médecin du travail :
  En plus de son rôle médical, il peut vous orienter sur les possibilités de reprise, de réintégration ou d’aménagements spécifiques à votre poste de travail.

Conseil : Ne restez pas isolé(e). Ces professionnels peuvent vous apporter une aide précieuse et éviter des erreurs ou oublis qui pourraient compromettre vos droits.

2. Respectez les délais

Les transmissions d’arrêt de travail, prolongations et demandes spécifiques doivent respecter les délais pour éviter des interruptions de rémunération.

Conseil : Tenez un calendrier précis de vos démarches et utilisez des moyens de transmission assurant une preuve de dépôt ou de réception (courrier recommandé, e-mail avec accusé de réception, etc.).

3. Vérifiez vos garanties de prévoyance

Lorsque votre salaire est réduit à 60 % pendant un Congé de Longue Maladie (CLM) ou un Congé de Longue Durée (CLD), vous pouvez limiter cette perte de revenus en activant une couverture complémentaire. Ces garanties, souvent proposées par des mutuelles ou des organismes de prévoyance, complètent votre rémunération pour préserver votre pouvoir d’achat durant votre congé prolongé.

Conseil : Prenez contact avec votre service RH ou votre mutuelle dès le début de votre arrêt pour évaluer vos besoins et activer vos droits éventuels.

Acquisition de congés payés pendant les arrêts maladies 

La réglementation en vigueur dans les trois versants de la fonction publique (décret n° 84-972 du 26 octobre 1984 relatif aux congés annuels des fonctionnaires de l’État, décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux, décret n° 2002-8 du 4 janvier 2002 relatif aux congés annuels des agents des établissements mentionnés à l’article 2 de la loi n° 86-33 du 9 janvier 1986 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique hospitalière) n’a pas encore été modifiée.

Néanmoins, en vertu de la jurisprudence de la Cour de Justice de l’Union européenne, tout agent en congé maladie continue d’acquérir des droits à congés annuels pendant la période de maladie et bénéficie du droit au report ou à l’indemnité compensatrice de congés non pris en fin de relation de travail. Le droit communautaire s’impose directement aux citoyens européens dans ce cas, sans qu’il soit nécessaire pour les États membres de le retranscrire dans leurs droits nationaux, y compris pour la fonction publique.

Modalités applicables pour les agents de la fonction publique :

En général, les congés qui n’ont pas été utilisés au 31 décembre sont perdus et ne peuvent pas être reportés sur l’année suivante, sauf autorisation exceptionnelle de l’employeur.

Toutefois, en cas d’une absence prolongée pour raison de santé (arrêt maladie), les congés annuels non pris sont automatiquement reportés, ne sont pas concernés les RTT, les vacances des enseignants, les congés d’étalement ou d’ancienneté.

L’agent bénéficie alors d’un report automatique de 4 semaines de congés sur une période de 15 mois maximum. Passé ce délai, même en cas de prolongation du congé maladie, ces congés sont perdus et ne peuvent être indemnisés.

Seul cas d’exception, en cas de départ définitif de la fonction publique après un congé de maladie sans reprise de fonctions, l’agent bénéficie d’une indemnité compensatrice équivalente à 4 semaines de congés (durée indiquée dans la directive européenne).

Congés ouvrants droit à ces dispositions :

• Congé de maladie du fonctionnaire,
• Congé de maladie de l’agent contractuel,
• Congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis) du fonctionnaire,
• Congé pour accident du travail ou maladie d’origine professionnelle de l’agent contractuel,
• Congé de longue maladie,
• Congé de longue durée,
• Congé de grave maladie.

A savoir : ces dispositions, qui ne sont pas transcrites dans les textes de la fonction publique, conduisent parfois à des interprétations divergentes, avec comme conséquence une rupture d’égalité de traitement des agents publics.