Congés maladie fonction publique : droits, obligations et rémunération

Mis à jour le 23/01/2025

Les congés maladie dans la fonction publique (CMO, CLM, CLD) offrent une protection indispensable aux agents publics en cas d’incapacité de travail prolongée. Ces dispositifs, régis par des règles spécifiques, varient selon la durée du congé, le statut de l’agent (titulaire, stagiaire, contractuel), son temps de travail (temps plein ou partiel), et son administration (État, hospitalière, territoriale).

Découvrez dans cet article vos droits, vos obligations, et les conditions de rémunération, ainsi que des conseils pratiques pour bien gérer ces congés maladie dans la fonction publique.

1. Types de congés de maladie dans la fonction publique et leurs spécificités

Congé de Maladie Ordinaire (CMO)

Conditions d’accès

• Le CMO est destiné aux maladies courantes qui empêchent l’agent de travailler temporairement.
• Pour bénéficier de ce congé maladie dans la fonction publique, vous devez transmettre votre arrêt de travail à l’administration dans les 48 heures.
• Seuls les volets 2 et 3 de l’arrêt de travail doivent être envoyés à l’administration, conformément au secret médical.

Durée maximale

• Jusqu’à 12 mois consécutifs, renouvelable avec un nouvel avis médical.
• Si l’état de santé nécessite une prolongation, elle doit être justifiée par un nouvel avis médical.

Rémunération

• 100 % du traitement indiciaire (salaire de base) pendant les 3 premiers mois, puis 60 % à partir du 4ᵉ mois, avec maintien partiel de certaines primes (indemnité de résidence, supplément familial de traitement, etc.).

Protection du poste

• Pendant un Congé de Maladie Ordinaire (CMO), vous conservez votre poste. L’administration ne peut engager aucune action pour pourvoir votre poste de manière définitive.

Congé de Longue Maladie (CLM)

Conditions d’accès

Le Congé de Longue Maladie (CLM) s’adresse aux agents atteints de maladies graves nécessitant un traitement prolongé, comme le cancer, une dépression sévère ou des maladies cardiaques. Vous pouvez obtenir ce congé après que le conseil médical a émis un avis favorable. Pour cela, vous devez fournir un certificat médical détaillé établi par votre médecin traitant, justifiant la gravité et la durée estimée de la maladie.

Durée et rémunération

• Durée maximale : 3 ans
  • 100 % du traitement indiciaire (salaire de base) pendant 1 an,
  • 60 % pendant les 2 années suivantes, avec maintien partiel des primes.

Protection du poste

• Le poste est garanti pendant la durée du CLM. À l’issue du congé, l’agent est réintégré dans son poste initial ou dans un poste équivalent.

Congé de Longue Durée (CLD)

Conditions d’accès

• Le Congé de Longue Durée (CLD) s’adresse aux agents atteints de pathologies graves et dégénératives, telles que :
  • La tuberculose,
  • Les cancers,
  • Les déficits immunitaires graves,
  • Certaines maladies neurologiques invalidantes.

  Pour obtenir un CLD, vous devez formuler votre demande dans l’année suivant le début d’un Congé de Longue Maladie (CLM). Cette demande nécessite l’approbation du conseil médical, qui évalue votre état de santé à partir des certificats médicaux fournis par votre médecin traitant.

Durée et rémunération

• Durée maximale : 5 ans
  • 100 % du traitement indiciaire (salaire de base) pendant les 3 premières années,
  • 60 % pendant les 2 années suivantes, avec maintien partiel des primes.

Impact sur le poste

Contrairement au Congé de Longue Maladie (CLM), vous ne bénéficiez pas d’une garantie de maintien de votre poste pendant un Congé de Longue Durée (CLD). L’administration peut pourvoir votre poste de manière définitive pour assurer la continuité du service.

Réintégration

À l’issue du CLD, la réintégration dans l’administration n’est pas automatique. Voici les principales situations possibles :

1. Réintégration dans un autre poste :
   • L’administration doit rechercher un poste correspondant à votre grade, vos compétences, et vos capacités physiques ou mentales, telles qu’évaluées par le conseil médical.
   • Le poste proposé peut être situé dans un autre service ou dans une autre localité.
2. Absence de poste disponible :
   • Si aucun poste n’est immédiatement disponible, l’agent peut demander un examen de sa situation par le conseil médical.
   • Cet examen a pour objectif d’évaluer les capacités de l’agent à reprendre un emploi et de proposer des solutions adaptées (réorientation, reclassement, ou retraite pour invalidité si la reprise est jugée impossible).

Rôle du conseil médical

• Le conseil médical joue un rôle clé dans l’évaluation de votre aptitude à reprendre un poste. Il peut recommander :
  • Une réintégration avec des aménagements spécifiques du poste de travail,
  • Une reprise progressive sous forme de temps partiel thérapeutique,
  • Ou, en dernier recours, une mise à la retraite pour invalidité.

Mesures en cas de réintégration différée

• Si aucun poste ne vous est attribué, l’administration vous verse une rémunération équivalente à celle que vous perceviez pendant le CLD, soit 60 % de votre traitement indiciaire, lorsque cela s’applique.

2. Spécificités selon le temps de travail pour les congés maladie dans la fonction publique

Agents travaillant plus de 28 heures par semaine

Si vous travaillez plus de 28 heures par semaine, vous relevez du régime spécial de la fonction publique. Ce régime vous garantit l’accès aux Congés de Maladie Ordinaire (CMO), de Longue Maladie (CLM), et de Longue Durée (CLD). Vous bénéficiez également de droits complets, notamment en matière de rémunération et de protection de votre poste.

Agents travaillant moins de 28 heures par semaine

Vous êtes affilié au régime général de la Sécurité sociale si vous travaillez moins de 28 heures par semaine. Toutefois, votre administration doit compléter votre rémunération pour vous garantir un salaire équivalent à celui d’un agent à temps plein pendant un Congé de Longue Maladie (CLM) ou un Congé de Longue Durée (CLD).

3. Obligations des agents en congés maladie dans la fonction publique

Les agents en congé maladie doivent respecter les obligations suivantes :

• Respecter les horaires de présence à domicile, sauf en cas d’autorisation médicale pour sorties libres.
• Se soumettre aux contrôles médicaux éventuels.
• Informer l’administration en cas de séjour hors département ou à l’étranger.
• Transmettre les prolongations d’arrêt dans un délai de 48 heures.

Non-respect : Toute infraction à ces règles peut entraîner une suspension de la rémunération.

4. Congés annuels et RTT pendant les congés maladie dans la fonction publique

• Congés payés : Les jours d’arrêt maladie sont considérés comme des jours travaillés. Cela signifie que vous continuez à accumuler des congés payés pendant la durée de votre congé maladie, tout comme dans le secteur privé.
  Pour en savoir plus sur l’accumulation et l’utilisation des congés payés dans le privé, consultez notre article dédié aux congés maladie dans le secteur privé.
• Report des congés : Les congés annuels non pris en raison d’un arrêt maladie peuvent être reportés.
• RTT : Les jours de réduction du temps de travail (RTT) ne s’accumulent pas pendant un congé maladie.

5. Temps partiel thérapeutique

Qu’est-ce que le temps partiel thérapeutique ?

Le temps partiel thérapeutique est une mesure permettant à un agent public de reprendre son activité professionnelle de manière progressive après un Congé de Maladie Ordinaire (CMO), un Congé de Longue Maladie (CLM) ou un Congé de Longue Durée (CLD).

Cette reprise adaptée a pour objectif de concilier la poursuite des soins ou la convalescence de l’agent avec son retour à l’emploi, tout en assurant une transition en douceur vers une reprise complète de l’activité.

Conditions pour bénéficier d’un temps partiel thérapeutique

1. Obtenez un avis médical favorable

   Votre médecin traitant ou le médecin du travail doit attester que le temps partiel thérapeutique est indispensable pour favoriser votre rétablissement. Cet avis médical confirme que travailler à temps partiel est adapté à votre état de santé et facilite votre récupération.

2. Faites valider votre demande par l’administration

   L’administration, en collaboration avec le médecin du travail, examine votre demande et valide la mise en place du temps partiel thérapeutique. Elle adapte le volume horaire et l’organisation du travail pour correspondre à vos capacités.

3. Respectez la durée déterminée

   Le temps partiel thérapeutique est accordé pour une période définie. Cette période peut être renouvelée en fonction de l’évolution de votre état de santé et des avis médicaux actualisés.

Modalités de fonctionnement

1. Durée de travail :
   • Vous travaillez à temps partiel avec une durée adaptée à vos capacités. Par exemple, vous pouvez opter pour un rythme de 50 %, 60 %, ou une autre proportion de votre temps plein habituel.
2. Traitement proportionnel :
   • Votre rémunération correspond au prorata de votre temps de travail. Si vous travaillez à 50 %, vous percevez 50 % de votre traitement indiciaire.
3. Complément de rémunération :
   • Vous pouvez recevoir un complément financier dans certaines situations :
     • Lorsque vous êtes en arrêt maladie de longue durée (CLM ou CLD), l’administration compense la part non travaillée grâce à l’indemnisation prévue pour votre arrêt.
     • De plus, selon les règles de votre administration, vous pouvez recevoir un complément de prévoyance ou des indemnités journalières pour réduire la perte de revenus.

Avantages du temps partiel thérapeutique

1. Reprise progressive et encadrée :
   • Le dispositif permet à l’agent de retrouver ses repères professionnels sans contrainte excessive.
2. Maintien du suivi médical :
   • L’agent peut poursuivre ses soins ou sa rééducation tout en reprenant une activité.
3. Préservation du lien avec le travail :
   • Cela limite les risques de désocialisation ou de rupture prolongée avec l’environnement professionnel.
4. Flexibilité pour l’employeur :
   • L’administration peut ajuster l’organisation du travail pour répondre aux besoins de l’agent tout en maintenant une continuité de service.

Points importants à retenir

1. Formulez votre demande de temps partiel thérapeutique

   Vous devez personnellement adresser votre demande de temps partiel thérapeutique à votre administration. Joignez à votre demande un certificat médical justifiant la nécessité de ce dispositif.

2. Déterminez la durée et demandez un renouvellement si nécessaire

   Votre administration fixe la durée de votre temps partiel thérapeutique en fonction de votre état de santé. Vous pouvez demander un renouvellement si un avis médical favorable le justifie.

3. Comprenez la liberté de décision de l’administration

   Votre administration peut refuser de mettre en place un temps partiel thérapeutique si elle considère que cela perturberait le fonctionnement du service. Ce dispositif reste donc soumis à sa validation.

4. Participez aux évaluations régulières

   Le médecin du travail et votre administration évaluent régulièrement l’efficacité et la pertinence de votre temps partiel thérapeutique. Ces évaluations garantissent que le dispositif reste adapté à vos besoins et à ceux de l’organisation.

6. Conseils pratiques pour gérer les congés maladie dans la fonction publique

1. Faites-vous accompagner

Naviguer dans les démarches administratives liées aux congés de maladie peut parfois s’avérer complexe. Vous avez le droit de demander conseil et assistance auprès de plusieurs interlocuteurs :

• Un conseiller en ressources humaines (RH) :
  Il peut vous aider à comprendre vos droits, à remplir vos documents administratifs et à respecter les procédures spécifiques de votre administration.
• Un syndicat :
  Les syndicats jouent un rôle de soutien juridique, administratif et moral pour sécuriser les droits de l’agent et garantir un traitement équitable pendant et après un congé maladie.
• Le médecin du travail :
  En plus de son rôle médical, il peut vous orienter sur les possibilités de reprise, de réintégration ou d’aménagements spécifiques à votre poste de travail.

Conseil : Ne restez pas isolé(e). Ces professionnels peuvent vous apporter une aide précieuse et éviter des erreurs ou oublis qui pourraient compromettre vos droits.

2. Respectez les délais

Les transmissions d’arrêt de travail, prolongations et demandes spécifiques doivent respecter les délais pour éviter des interruptions de rémunération.

Conseil : Tenez un calendrier précis de vos démarches et utilisez des moyens de transmission assurant une preuve de dépôt ou de réception (courrier recommandé, e-mail avec accusé de réception, etc.).

3. Vérifiez vos garanties de prévoyance

Lorsque votre salaire est réduit à 60 % pendant un Congé de Longue Maladie (CLM) ou un Congé de Longue Durée (CLD), vous pouvez limiter cette perte de revenus en activant une couverture complémentaire. Ces garanties, souvent proposées par des mutuelles ou des organismes de prévoyance, complètent votre rémunération pour préserver votre pouvoir d’achat durant votre congé prolongé.

Conseil : Prenez contact avec votre service RH ou votre mutuelle dès le début de votre arrêt pour évaluer vos besoins et activer vos droits éventuels.