Congés maladie fonction publique : droits, obligations et rémunération

Mis à jour le 25/04/2025

Les congés maladie dans la fonction publique (CMO, CLM, CLD) assurent une protection essentielle aux agents publics quand leur état de santé les empêche de travailler. Chaque dispositif suit des règles précises qui varient selon votre statut (titulaire, stagiaire, contractuel), votre temps de travail (temps plein ou partiel) et votre administration (État, territoriale, hospitalière).

Découvrez dans cet article vos droits, vos obligations, et les conditions de rémunération, ainsi que des conseils pratiques pour bien gérer ces congés maladie dans la fonction publique.

1. Types de congés de maladie dans la fonction publique et leurs spécificités

Congé de Maladie Ordinaire (CMO)

Conditions d’accès

Vous demandez un CMO quand une maladie courante vous empêche de travailler temporairement.

• Vous transmettez votre arrêt de travail à l’administration dans les 48 heures.

• Vous n’envoyez que les volets 2 et 3 de l’arrêt de travail, pour respecter le secret médical.

Durée maximale

• Vous conservez le CMO jusqu’à 12 mois consécutifs maximum.

• Un médecin doit justifier chaque prolongation.

Rémunération Fonction Publique d’état

Vous touchez 90 % de votre traitement indiciaire brut pendant les 3 premiers mois, puis 50 % pendant les 9 mois suivants.

L’administration décompte vos droits à 90 % et à 50 % chaque jour d’arrêt de travail, en tenant compte des arrêts déjà pris au cours des 12 derniers mois.

Chaque nouvel arrêt entraîne un jour de carence non rémunéré

Toutefois, le jour de carence ne s’applique pas lors du 2^e arrêt de travail si vous n’avez pas repris le travail plus de 48 heures entre 2 congés de maladie accordés pour la même affection.

Il en est ainsi :

• Lorsque le nouvel arrêt de travail prolonge l’arrêt précédent et que le médecin prescripteur a coché la case prolongation
• Ou quand vous tentez de reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l’obligation de vous arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard
• Ou lorsque vous n’avez pas pu consulter votre médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end pour des raisons indépendantes de votre volonté.

Toutefois, vous n’appliquez pas le jour de carence dans trois situations précises :

• Quand le médecin coche la case « prolongation » et que l’arrêt prolonge directement le précédent.

• Quand vous tentez de reprendre vos fonctions, mais devez vous arrêter de nouveau dans les 48 h pour la même affection.

• Quand vous ne pouvez pas consulter votre médecin un samedi, dimanche ou jour férié accolé au week-end, pour des raisons indépendantes de votre volonté.

Dans ces cas, la Sécurité sociale considère le nouvel arrêt comme une rechute ou une prolongation, car la cause initiale n’a pas disparu.

Le délai de 48 heures court à partir du premier jour qui suit la fin de votre arrêt initial (jours calendaires).

Les autres éléments de rémunération sont versés dans les conditions suivantes :

 Tableau - Rémunération du fonctionnaire d'État pendant un congé de maladie

Rémunération Fonction Publique Territoriale

Vous percevez 90 % de votre traitement indiciaire brut pendant pendant 3 mois, puis la moitié de votre traitement indiciaire pendant 9 mois.

Les droits à 90 % ou à 50 % de votre traitement indiciaire sont décomptés, pour chaque jour d’arrêt de travail, en fonction des jours d’arrêt à 90 % ou à 50 % déjà accordés au cours des 12 mois précédents.

Chaque arrêt de travail fait l’objet d’un jour de carence non rémunéré.

L’administration n’applique pas le jour de carence lors du 2ᵉ arrêt si vous ne reprenez pas le travail plus de 48 heures entre deux congés maladie liés à la même affection.

Ce cas se produit :

• lorsque le nouvel arrêt prolonge le précédent et que le médecin coche la case « prolongation »,

• lorsque vous tentez de reprendre vos fonctions mais que vous devez vous arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard,

• ou lorsque vous ne pouvez pas consulter votre médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end, pour des raisons indépendantes de votre volonté.

Dans ces situations, l’administration considère le nouvel arrêt comme une rechute et une prolongation, puisque la cause de l’arrêt initial n’a pas disparu.

Le délai de 48 heures, en jours calendaires, débute le lendemain du dernier jour de votre arrêt initial.

Les autres éléments de rémunération sont versés dans les conditions suivantes :

Rémunération du fonctionnaire territorial pendant un congé de maladie

Rémunération Fonction Publique Hospitalière

Vous percevez 90 % de votre traitement indiciaire brut pendant pendant 3 mois, puis la moitié de votre traitement indiciaire pendant 9 mois.

Les droits à 90 % ou à 50 % de votre traitement indiciaire sont décomptés, pour chaque jour d’arrêt de travail, en fonction des jours d’arrêt à 90 % ou à 50 % déjà accordés au cours des 12 mois précédents.

Chaque arrêt de travail fait l’objet d’un jour de carence non rémunéré.

Toutefois, le jour de carence ne s’applique pas lors du 2^e arrêt de travail si vous n’avez pas repris le travail plus de 48 heures entre 2 congés de maladie accordés pour la même affection.

Il en est ainsi :

• Lorsque le nouvel arrêt de travail prolonge l’arrêt précédent et que le médecin prescripteur a coché la case prolongation
• Ou quand vous tentez de reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l’obligation de vous arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard
• Ou lorsque vous n’avez pas pu consulter votre médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end pour des raisons indépendantes de votre volonté.

Le nouvel arrêt est considéré comme une rechute et une prolongation puisqu’il n’y a pas eu disparition de la cause de l’arrêt initial.

Le délai de 48 heures, décompté en jours calendaires, commence à courir à partir du 1^er jour qui suit le dernier jour de votre arrêt de travail initial.

Les autres éléments de rémunération sont versés dans les conditions suivantes :

Rémunération du fonctionnaire hospitalier pendant un congé de maladie

Congé de Longue Maladie (CLM)

Conditions d’accès

Le CLM est accordé pour des pathologies graves nécessitant un arrêt prolongé, sur avis favorable du conseil médical.

Durée 

Le CLM peut durer jusqu’à 3 ans 

Rémunération Fonction Publique d’État 

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

Conditions de rémunération du fonctionnaire d'État en CLM

Si vous êtes placé en CLM à la suite d’une demande présentée au cours d’un congé de maladie , les primes et indemnités qui vous ont été versées pendant votre congé de maladie vous restent acquises.

Ces primes et indemnités ne sont pas cumulables avec celles qui vous sont dues pendant votre congé de longue maladie.

Rémunération Fonction Publique Territoriale

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

Conditions de rémunération du fonctionnaire territorial en CLM

Rémunération Fonction Publique Hospitalière 

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

Conditions de rémunération du fonctionnaire hospitalier en CLM

À savoir  

Votre administration prend en charge les honoraires et autres frais médicaux liés aux examens qu’elle demande. Elle couvre aussi les honoraires du médecin agréé ainsi que les frais de transport nécessaires pour vous rendre aux examens.

Vous devez simplement présenter les justificatifs afin de prouver que les déplacements étaient indispensables et liés aux examens médicaux réalisés.

Protection du poste

• Le poste est garanti pendant la durée du CLM. À l’issue du congé, l’agent est réintégré dans son poste initial ou dans un poste équivalent.

Congé de Longue Durée (CLD)

Conditions d’accès

Le congé de longue durée (CLD) concerne les pathologies graves et dégénératives, comme :

• les affections cancéreuses,

• les déficits immunitaires graves et acquis,

• les maladies mentales,

• la tuberculose,

• la poliomyélite.

Vous devez demander l’accès au CLD dans l’année qui suit le début de votre CLM. Le conseil médical doit ensuite donner un avis favorable pour que votre demande soit acceptée.

Durée

Le CLD peut durer jusqu’à 5 ans

Rémunération Fonction Publique d’État 

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

Conditions de rémunération du fonctionnaire d'État en CLD

Si vous êtes placé en CLD à la suite d’une demande présentée au cours d’un congé de longue maladie (CLM ou d’un congé de maladie, les primes et indemnités qui vous ont été versées pendant votre CLM ou votre congé de maladie vous restent acquises.

Perte de la protection du poste en CLD

En cas de passage en congé de longue durée (CLD), l’administration peut attribuer définitivement le poste de l’agent à un autre.
Même si l’agent conserve son statut et son lien avec l’administration, il peut perdre son poste d’origine.

À la fin du CLD, l’administration peut réintégrer l’agent dans un autre poste, en fonction des besoins et des disponibilités du service.

Rémunération Fonction Publique Territoriale

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

Conditions de rémunération du fonctionnaire territorial en CLD

Rémunération Fonction Publique Hospitalière

Les différents éléments de rémunération vous sont versés dans les conditions suivantes :

Conditions de rémunération du fonctionnaire hospitalier en CLD

À savoir  

Votre administration prend en charge :

• les honoraires et frais médicaux liés aux examens qu’elle demande,

• les honoraires du médecin agréé,

• les frais de transport nécessaires pour vous rendre à ces examens.

Pour bénéficier du remboursement des frais de transport, vous devez présenter des justificatifs qui prouvent :

• que le déplacement était indispensable,

• et qu’il concernait bien les examens médicaux demandés.

Réintégration

À l’issue d’un congé de longue durée (CLD), votre réintégration dans l’administration n’est pas automatique. Deux situations principales existent :

1. Réintégration dans un autre poste :

L’administration doit vous proposer un poste adapté :

• à votre grade,

• à vos compétences,

• et à vos capacités physiques ou mentales, évaluées par le conseil médical.

Ce nouveau poste peut se situer dans un autre service ou dans une autre localité.

1. Absence de poste disponible :

Si aucun poste n’est immédiatement disponible, vous pouvez demander un nouvel examen de votre situation par le conseil médical.

Cet examen a pour objectif de :

• évaluer vos capacités à reprendre un emploi,

• et proposer une solution adaptée : réorientation, reclassement, ou mise à la retraite pour invalidité si la reprise reste impossible.

Rôle du conseil médical

Le conseil médical évalue votre aptitude à reprendre un poste et peut recommander plusieurs solutions :

• Réintégration avec aménagements : il adapte votre poste (horaires allégés, matériel ergonomique, missions ajustées) pour tenir compte de vos contraintes médicales.

• Reprise progressive en temps partiel thérapeutique : vous reprenez vos fonctions à temps partiel, le temps de consolider vos capacités.

• Mise à la retraite pour invalidité : si aucune reprise n’est possible, il peut prononcer une retraite anticipée pour invalidité.

Ces décisions s’appuient sur votre état de santé, l’avis de votre médecin et les besoins de votre service.

Mesures en cas de réintégration différée

• Si aucun poste ne vous est attribué, l’administration vous verse une rémunération équivalente à celle que vous perceviez pendant le CLD, soit 60 % de votre traitement indiciaire, lorsque cela s’applique.

2. Spécificités selon le temps de travail pour les congés maladie dans la fonction publique

Agents travaillant plus de 28 heures par semaine

Si vous travaillez plus de 28 heures par semaine, vous relevez du régime spécial de la fonction publique. Ce régime vous garantit l’accès aux Congés de Maladie Ordinaire (CMO), de Longue Maladie (CLM), et de Longue Durée (CLD). Vous bénéficiez également de droits complets, notamment en matière de rémunération et de protection de votre poste.

Agents travaillant moins de 28 heures par semaine

Vous êtes affilié au régime général de la Sécurité sociale si vous travaillez moins de 28 heures par semaine. Toutefois, votre administration doit compléter votre rémunération pour vous garantir un salaire équivalent à celui d’un agent à temps plein pendant un Congé de Longue Maladie (CLM) ou un Congé de Longue Durée (CLD).

3. Obligations des agents en congés maladie dans la fonction publique

Les agents en congé maladie doivent respecter les obligations suivantes :

• Respecter les horaires de présence à domicile, sauf en cas d’autorisation médicale pour sorties libres.
• Se soumettre aux contrôles médicaux éventuels.
• Informer l’administration en cas de séjour hors département ou à l’étranger.
• Transmettre les prolongations d’arrêt dans un délai de 48 heures.

Non-respect : Toute infraction à ces règles peut entraîner une suspension de la rémunération.

4. Congés annuels et RTT pendant les congés maladie dans la fonction publique

• Congés payés : Les jours d’arrêt maladie sont considérés comme des jours travaillés. Cela signifie que vous continuez à accumuler des congés payés pendant la durée de votre congé maladie, tout comme dans le secteur privé.
  Pour en savoir plus sur l’accumulation et l’utilisation des congés payés dans le privé, consultez notre article dédié aux congés maladie dans le secteur privé.
• Report des congés : Les congés annuels non pris en raison d’un arrêt maladie peuvent être reportés.
• RTT : Les jours de réduction du temps de travail (RTT) ne s’accumulent pas pendant un congé maladie.

5. Temps partiel thérapeutique

Qu’est-ce que le temps partiel thérapeutique ?

Le temps partiel thérapeutique est une mesure permettant à un agent public de reprendre son activité professionnelle de manière progressive après un Congé de Maladie Ordinaire (CMO), un Congé de Longue Maladie (CLM) ou un Congé de Longue Durée (CLD).

Cette reprise adaptée a pour objectif de concilier la poursuite des soins ou la convalescence de l’agent avec son retour à l’emploi, tout en assurant une transition en douceur vers une reprise complète de l’activité.

Conditions pour bénéficier d’un temps partiel thérapeutique

1. Obtenez un avis médical favorable

   Votre médecin traitant ou le médecin du travail atteste que le temps partiel thérapeutique est indispensable pour favoriser votre rétablissement. Cet avis médical confirme que travailler à temps partiel correspond à votre état de santé et facilite votre récupération.

2. Faites valider votre demande par l’administration

   L’administration, en collaboration avec le médecin du travail, examine votre demande et valide la mise en place du temps partiel thérapeutique. Elle adapte le volume horaire et l’organisation du travail pour correspondre à vos capacités.

3. Respectez la durée déterminée

   L’administration accorde le temps partiel thérapeutique pour une période définie et le renouvelle selon l’évolution de votre état de santé et les avis médicaux actualisés.

Modalités de fonctionnement

1. Durée de travail :
   • Vous travaillez à temps partiel avec une durée adaptée à vos capacités. Par exemple, vous pouvez opter pour un rythme de 50 %, 60 %, ou une autre proportion de votre temps plein habituel.
2. Traitement proportionnel :
   • Votre rémunération correspond au prorata de votre temps de travail. Si vous travaillez à 50 %, vous percevez 50 % de votre traitement indiciaire.
3. Complément de rémunération :

Dans certaines situations, vous bénéficiez d’un complément financier :

• Pendant un Congé de Longue Maladie (CLM) ou un Congé de Longue Durée (CLD), votre administration compense la part de salaire perdue grâce à l’indemnisation prévue pour votre arrêt.

• Selon les règles de votre administration, vous touchez aussi un complément de prévoyance ou des indemnités journalières pour réduire la perte de revenus.

Avantages du temps partiel thérapeutique

1. Reprise progressive et encadrée :
   • Le dispositif permet à l’agent de retrouver ses repères professionnels sans contrainte excessive.
2. Maintien du suivi médical :
   • L’agent peut poursuivre ses soins ou sa rééducation tout en reprenant une activité.
3. Préservation du lien avec le travail :
   • Cela limite les risques de désocialisation ou de rupture prolongée avec l’environnement professionnel.
4. Flexibilité pour l’employeur :
   • L’administration peut ajuster l’organisation du travail pour répondre aux besoins de l’agent tout en maintenant une continuité de service.

Points importants à retenir

1. Formulez votre demande de temps partiel thérapeutique

   Vous devez personnellement adresser votre demande de temps partiel thérapeutique à votre administration. Joignez à votre demande un certificat médical justifiant la nécessité de ce dispositif.

2. Déterminez la durée et demandez un renouvellement si nécessaire

   Votre administration fixe la durée de votre temps partiel thérapeutique en fonction de votre état de santé. Vous pouvez demander un renouvellement si un avis médical favorable le justifie.

3. Comprenez la liberté de décision de l’administration

   Votre administration peut refuser de mettre en place un temps partiel thérapeutique si elle considère que cela perturberait le fonctionnement du service. Ce dispositif reste donc soumis à sa validation.

4. Participez aux évaluations régulières

   Le médecin du travail et votre administration évaluent régulièrement l’efficacité et la pertinence de votre temps partiel thérapeutique. Ces évaluations garantissent que le dispositif reste adapté à vos besoins et à ceux de l’organisation.

6. Conseils pratiques pour gérer les congés maladie dans la fonction publique

1. Faites-vous accompagner

Les démarches administratives liées aux congés de maladie peuvent vite devenir complexes. N’attendez pas : demandez conseil et assistance auprès de vos interlocuteurs dédiés :

• Votre conseiller RH : il vous explique vos droits, vous aide à remplir vos documents et vous guide dans les procédures propres à votre administration.

• Votre syndicat : il vous défend sur le plan juridique, vous soutient administrativement et moralement et veille à ce que l’administration respecte vos droits pendant et après votre congé maladie.

• Le médecin du travail : il évalue votre état de santé, propose des aménagements de poste et vous oriente vers les solutions de reprise ou de réintégration adaptées.

Conseil : Ne restez pas isolé. Ces professionnels peuvent vous apporter une aide précieuse et éviter des erreurs ou oublis qui pourraient compromettre vos droits.

2. Respectez les délais

Les transmissions d’arrêt de travail, prolongations et demandes spécifiques doivent respecter les délais pour éviter des interruptions de rémunération.

Conseil : Tenez un calendrier précis de vos démarches et utilisez des moyens de transmission assurant une preuve de dépôt ou de réception (courrier recommandé, e-mail avec accusé de réception, etc.).

3. Vérifiez vos garanties de prévoyance

Quand votre administration réduit votre salaire à 60 % pendant un Congé de Longue Maladie (CLM) ou un Congé de Longue Durée (CLD), vous pouvez limiter vos pertes de revenus grâce à une couverture complémentaire.
Les mutuelles et organismes de prévoyance proposent souvent des garanties qui complètent votre rémunération et protègent votre pouvoir d’achat durant votre congé prolongé.

Conseil : contactez votre service RH ou votre mutuelle dès le début de votre arrêt. Évaluez vos besoins et activez rapidement vos droits éventuels.

Acquisition de congés payés pendant les arrêts maladies 

Le cadre réglementaire

Les décrets encadrant les congés annuels des trois versants de la fonction publique

• décret n° 84-972 du 26 octobre 1984 (fonction publique d’État),

• décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985 (fonction publique territoriale),

• décret n° 2002-8 du 4 janvier 2002 (fonction publique hospitalière),

n’ont pas encore intégré la jurisprudence européenne.

Cependant, la jurisprudence de la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) s’applique directement. Elle garantit aux agents :

• l’acquisition de droits à congés annuels pendant leur congé maladie,

• le droit au report de ces congés,

• ou une indemnité compensatrice en fin de relation de travail.

Le droit communautaire s’applique directement aux agents, même sans transcription dans le droit national.

Modalités pour les agents de la fonction publique

Situation normale :

• les congés non utilisés au 31 décembre sont perdus,

• sauf si l’employeur accorde une autorisation exceptionnelle de report.

Absence prolongée pour raison de santé (arrêt maladie) :

• L’administration reporte automatiquement vos congés annuels non pris (hors RTT, congés d’enseignants, d’étalement ou d’ancienneté).

• l’agent bénéficie du report de 4 semaines maximum, utilisables dans un délai de 15 mois.

• Passé ce délai, même si l’arrêt maladie se poursuit, ces congés sont perdus et ne donnent pas droit à indemnisation.

Départ définitif de la fonction publique après un congé de maladie sans reprise de fonctions :

• l’agent perçoit une indemnité compensatrice équivalente à 4 semaines de congés (conformément à la directive européenne).

Types de congés ouvrant droit à ces dispositions

• Congé de maladie du fonctionnaire,
• Congé de maladie de l’agent contractuel,
• Congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis) du fonctionnaire,
• Congé pour accident du travail ou maladie d’origine professionnelle de l’agent contractuel,
• Congé de longue maladie,
• Congé de longue durée,
• Congé de grave maladie.

A savoir : Comme la fonction publique n’a pas intégré ces règles dans ses textes, certaines administrations appliquent différemment la réglementation. Cela peut provoquer une rupture d’égalité entre agents publics.