Congé maladie dans la fonction publique : CLM, CLD et congé de grave maladie

Mis à jour le 27/01/2026

Vous êtes en arrêt long ou votre santé ne vous permet plus de travailler normalement ?
Selon votre statut (fonctionnaire ou contractuel), vous pouvez demander un congé de longue maladie (CLM), un congé de longue durée (CLD) (sous conditions strictes), ou un congé de grave maladie.

Fonctionnaires : obtenir un congé de longue maladie dans le public (CLM)

Quand pouvez-vous bénéficier d’un CLM ?

Vous pouvez demander un congé de longue maladie (CLM) si :

• votre maladie vous empêche d’exercer votre emploi,

• elle nécessite des soins prolongés,

• elle présente une gravité confirmée et un caractère invalidant.

Le CLM est possible si vous êtes titulaire ou stagiaire, en activité ou en détachement.

Certaines maladies sont listées par arrêté, mais la liste n’est pas fermée : le CLM peut aussi être accordé après avis du conseil médical.

Comment demander un CLM ? (démarche simple)

Si vous faites la demande

1. Écrivez à votre administration : demande + certificat de votre médecin traitant.

2. Votre médecin envoie au conseil médical un résumé médical et les pièces utiles.

3. Le conseil médical rend un avis transmis à vous et à l’administration.

4. Une expertise par un médecin agréé peut être demandée.

5. Le médecin du travail est informé (il peut assister, sans voter).

Renouvellement (repère clé)

• Tant que vous n’avez pas dépassé 1 an à plein traitement : renouvellement sans conseil médical (sur certificat).

• Après 1 an : avis du conseil médical obligatoire.

Des examens médicaux peuvent être imposés.
Refus = suspension possible de la rémunération.

Si l’administration demande votre CLM

Le schéma est proche : l’administration saisit le conseil médical, informe le médecin du travail, et des expertises/examens peuvent être imposés.

Combien de temps dure un CLM ?

• Jusqu’à 3 ans maximum

• En périodes de 3 à 6 mois

• Utilisable en continu ou en discontinu

Si vous passez d’un congé maladie ordinaire (CMO) à un CLM :

Le CMO peut être requalifié en CLM, et la 1re période peut démarrer à la 1re constatation médicale.

Un nouveau CLM après 3 ans n’est possible qu’après au moins 1 an de reprise.

Comment êtes-vous payée pendant un CLM ?

• 1 an : plein traitement indiciaire

• 2 ans : demi-traitement

Maintenus :

• indemnité de résidence (en entier),

• supplément familial de traitement (SFT) (en entier).

NBI :

• Vous percevez la NBI dans les mêmes proportions que votre traitement (plein puis moitié) tant que l’administration ne vous remplace pas.

En général, l’administration suspend le versement de vos primes et indemnités.
Toutefois, si vous demandez un CLM pendant un CMO, vous conservez les primes déjà versées.

Enfin, l’administration prend en charge les frais liés aux examens qu’elle impose (honoraires du médecin agréé, transport éventuel).

Que se passe-t-il à la fin du CLM ?

Pour reprendre, vous devez fournir un certificat médical d’aptitude.
Après 3 ans de CLM, ou si vous êtes en fonctions à exigences médicales, la reprise passe par un avis du conseil médical. Si :

l’avis est favorable

• vous reprenez votre activité,

• votre poste peut être aménagé si besoin.

l’avis est défavorable (sur votre poste initial)

Vous êtes titulaire

• reclassement ou période de préparation au reclassement,

• disponibilité d’office si amélioration possible,

• retraite pour invalidité si inaptitude définitive.

Si vous êtes stagiaire

• congé non rémunéré possible (jusqu’à 1 an, renouvelable 2 fois),

• licenciement en cas d’inaptitude définitive.

Contractuels : demander un congé de grave maladie dans le public

Qui peut en bénéficier ?

Vous pouvez demander un congé de grave maladie si vous êtes agent contractuel (CDD ou CDI) et si :

• la maladie vous empêche de travailler,

• elle nécessite des soins prolongés,

• elle est invalidante et grave,

• vous avez au moins 3 ans d’ancienneté (calcul selon votre situation).

Comment le demander ?

1. Adressez une demande (papier libre ou formulaire RH).

2. Joignez un certificat médical.

3. Le conseil médical organise une contre-visite par un médecin agréé.

4. Le conseil médical rend un avis ; l’administration décide.

Un recours est possible devant le conseil médical supérieur.

Durée : combien de temps ?

• Périodes de 3 à 6 mois

• Jusqu’à 3 ans maximum

• Requalification possible si la demande est faite pendant un congé maladie

Plusieurs congés possibles si vous reprenez au moins 1 an entre deux.

Rémunération : comment ça marche ?

Pendant le congé de grave maladie, vous percevez :

• des indemnités journalières (comme dans le privé),

• • éventuellement un complément de l’administration :

  • 1 an à plein traitement,

  • puis 2 ans à demi-traitement,

  • avec déduction des indemnités journalières.

Deux fonctionnements possibles :

• soit l’administration touche les IJ à votre place,

• soit vous touchez les IJ et l’administration vous verse le complément (et peut demander les justificatifs).

Maintenus :

• indemnité de résidence (proportionnelle),

• SFT (intégral).

Primes et indemnités suspendues.

Et après ?

Apte : réaffectation sur le poste (ou équivalent).
Temporairement inapte : congé sans traitement (jusqu’à 12 mois + 6 mois).
Définitivement inapte : reclassement ou licenciement.

Important : en pratique, si vous êtes en congé sans traitement depuis 1 an, vous devez demander votre réemploi par LRAR au moins 1 mois avant la fin. À défaut, vous pouvez être considéré(e) comme démissionnaire.

Pensez à votre prévoyance.

En effet, si vous aviez une prévoyance qui complétait vos IJ ou votre demi-traitement, elle prévoit souvent aussi un complément en cas de pension d’invalidité. Dans ce contexte, vérifiez vos garanties dès que possible.