Arrêt de travail en cours (maladie) – Agriculteurs

Mis à jour le 25 avril 2025

Aux côtés du régime général travailleurs salariés et travailleurs indépendants et des régimes spéciaux (spécifiques à certains secteurs d’activité), la sécurité sociale française compte également un régime propre aux travailleurs salariés et non-salariés du secteur agricole.

Le Régime agricole couvre deux types de populations :

1/ Les exploitants agricoles et leurs familles

2/ Les salariés agricoles  

1/ les exploitants agricoles et leurs familles

La Mutualité sociale agricole (MSA) verse des indemnités journalières maladie (IJ) aux assurés sociaux en arrêt de travail par l’intermédiaire de l’AMEXA, régime d’Assurance maladie, maternité et invalidité des agriculteurs non-salariés.

CONDITIONS ET MONTANT :

Les indemnités journalières maladie de l’AMEXA concernent :

• Les chefs d’exploitation ou d’entreprise agricole à titre exclusif ou principal
• Les collaborateurs d’exploitation ou d’entreprise agricole
• Les aides familiaux (ou les associés d’exploitation) des chefs d’exploitation ou d’entreprise agricole affiliés à l’AMEXA.

Les indemnités journalières de l’AMEXA sont servies pour les maladies ou les accidents non-professionnels.

Pour en bénéficier, il vous faut respecter les conditions suivantes :

• Vous devez être affilié à l’Amexa depuis au moins un an. La période d’affiliation à un autre régime d’assurance maladie peut être prise en compte lorsque vous débutez une activité agricole.
• Vous devez être à jour de la cotisation indemnité journalière Amexa au 1^er janvier de l’année civile au cours de laquelle le médecin a constaté l’incapacité de travail.
• Vous devez présenter un arrêt de travail à temps complet.
• Dans le cadre d’une hospitalisation, vous devez présenter un bulletin de situation délivré par l’établissement de soins.

A savoir : Ce dispositif est sans exclusion de garanties, il s’applique à toute maladie d’origine non professionnelle et à tout accident de la vie privée.

Le délai de carence :

Depuis le du 1er février 2021, l’indemnité journalière est versée à partir du 4e jour d’arrêt de travail en cas de maladie ou d’accident de la vie privée et en cas d’hospitalisation (soit 3 jours de carence). 

La durée d’attribution des Indemnités journalières :

Pour un arrêt supérieur à 6 mois ou en cas d’affection de longue durée (ALD)

• L’indemnité journalière peut être versée pendant 3 ans de date à date. Cette période de 3 ans peut être renouvelée si le patient reprend son activité professionnelle pendant au moins 1 an.

Pour des arrêts inférieurs à 6 mois ou hors ALD

• L’indemnité journalière est versée 360 jours maximum sur une période de 3 ans.

À savoir :

Dans les deux cas, le point de départ du délai de la période de 3 ans se situe au premier jour du premier arrêt de travail.

Quel est le montant de l’indemnité ? 

Ce dispositif d’indemnisation a pour objectif de vous garantir un revenu personnel de base en cas de maladie ou d’accident de la vie privée. Il ne vise pas à assurer la continuité économique de l’exploitation ou de l’entreprise agricole. La couverture de ce risque, très variable selon l’activité, pouvant relever de produits d’assurance complémentaire, est ainsi laissée à votre libre appréciation.

Les restrictions

L’indemnité journalière Amexa n’est pas cumulable avec celle de l’Assurance accidents du travail des exploitants agricoles (Atexa) et les allocations de remplacement maternité ou paternité. Elle n’est pas versée à l’occasion d’un arrêt de travail pour une cure thermale.

VOS OBLIGATIONS, VOS DEMARCHES

L’arrêt de travail :

Votre médecin vient de vous prescrire un arrêt de travail justifié par votre état de santé. Vous avez : 48 h pour informer votre MSA

Il vous faut envoyer impérativement votre arrêt de travail, remis par votre médecin traitant, sous 48 h au contrôle médical de votre MSA ou votre bulletin de situation en cas d’hospitalisation.

Pendant l’arrêt de travail :

• Vous devez interrompre totalement votre activité professionnelle et toutes autres activités non autorisées.
• Il vous faut respecter les heures de présence à domicile de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h.
• Tout arrêt de travail peut faire l’objet d’une visite de contrôle : en cas de convocation à la MSA pour un examen : le médecin conseil confirmera si l’arrêt est médicalement justifié.
• Vous devrez vous soumettre aux traitements et mesures prescrits d’un commun accord par le médecin traitant et le médecin conseil. Il est important d’accomplir les exercices et travaux prescrits en vue de favoriser votre rééducation.

La reprise du travail

Vous reprenez le travail à la date d’expiration de l’arrêt si votre état de santé vous le permet. Si ce n’est pas le cas, votre médecin traitant peut vous prescrire une prolongation d’arrêt.
Si vous reprenez le travail avant la fin de votre arrêt, vous devez en informer par courrier le contrôle médical de votre MSA sous 48 h.

Attention ! En cas de non-respect de vos obligations, le versement des indemnités journalières peut être supprimé.

Les cotisations d’assurance maladie-maternité (Amexa) et d’assurance invalidité

La cotisation d’assurance maladie-maternité (Amexa) et la cotisation d’assurance invalidité financent les prestations d’assurance maladie, de maternité et d’invalidité.

Pour les chefs d’exploitation ou d’entreprise agricoles exerçant leur activité à titre exclusif ou principal et domicilié fiscalement en France

La cotisation d’assurance maladie-maternité (Amexa) dont vous êtes redevable est calculée à partir de vos revenus professionnels. A compter de 2022, le taux de cotisation d’assurance-maladie-maternité (Amexa) dont vous êtes redevable fait l’objet d’une réduction dégressive en fonction de vos revenus professionnels d’activité. Pour les revenus jusqu’à 40% du plafond annuel de la sécurité sociale (PASS), cette cotisation a été supprimée.

Pour aller plus loin : https://www.msa.fr/lfp/exploitant/cotisations-et-contributions

Règlement de la cotisation IJ Amexa

Le dispositif indemnité journalière Amexa est obligatoire

Une cotisation forfaitaire est à la charge de l’exploitant ou du chef d’entreprise agricole. Elle est valable pour lui-même et les autres membres de la famille travaillant sur l’exploitation.
Cette cotisation spécifique sert à financer la totalité des dépenses liées au dispositif indemnité journalière Amexa.

Le montant de la Cotisation forfaitaire IJ Amexa s’élève à 250,00€ en 2025.

2/ Les salariés des professions agricoles

Les personnes couvertes par le régime des salariés agricoles sont limitativement énumérées à l’article L. 722-20 du code rural et de la pêche maritime.

Le régime de protection sociale des salariés des professions agricoles est applicable aux :

• salariés occupés aux activités ou dans les entreprises ou établissements agricoles et salariés des entreprises artisanales rurales n’employant pas plus de deux salariés de façon permanente ;
• gardes-chasse, gardes-pêche, gardes forestiers, jardiniers, jardiniers gardes de propriété et, de manière générale, toutes les personnes qui, n’ayant pas la qualité d’entrepreneur, sont occupées par des groupements et sociétés de toute nature ou des particuliers à la mise en état et à l’entretien des jardins ;
• employés de maison au service d’un exploitant agricole lorsqu’ils exercent habituellement leur activité sur le lieu de l’exploitation agricole ;
• métayers ;
• personnels enseignants des établissements d’enseignement et de formation professionnelle agricoles privés ;
• salariés des organismes de mutualité agricole, des caisses de crédit agricole mutuel, des chambres d’agriculture, du Centre national pour l’aménagement des structures des exploitations agricoles, des coopératives agricoles, des sociétés d’intérêt collectif agricole, des sociétés à caractère coopératif dites fruitières, des sociétés agricoles diverses, des syndicats agricoles, des associations syndicales de propriétaires dont l’objet est agricole et, d’une manière générale, de tout groupement professionnel agricole ;
• apprentis et stagiaires relevant du régime des assurances sociales agricoles occupés dans les exploitations, entreprises, organismes et groupements ci-dessus énumérés.

Les conditions pour bénéficier des indemnités journalières maladie varient en fonction de la durée de votre arrêt maladie :

• En cas d’arrêt de travail inférieur ou égal à 6 mois, l’assuré doit :
  • avoir travaillé au moins 150 heures dans les 3 mois (ou 90 jours) précédant l’arrêt ;
  • OU avoir cotisé sur la base d’un salaire au moins égal à 1 015 fois le montant du SMIC horaire (11,88 € en novembre 2024) pendant les 6 mois précédant l’arrêt.
• En cas d’arrêt de travail supérieur à 6 mois, l’assuré doit :
  • justifier de 12 mois d’immatriculation auprès d’un régime d’assurance maladie
  • et, dans les 12 mois précédant l’arrêt, avoir travaillé au moins 600 heures ou avoir cotisé sur la base d’un salaire au moins égal à 2 030 fois le Smic horaire.

L’assuré doit transmettre les volets 1 et 2 de son arrêt de travail à sa caisse MSA dans les 48 heures.

Les indemnités journalières sont versées par votre MSA, sous conditions et après un délai de carence de 3 jours.

Attention, si vous ne respectez pas ce délai de 48h, le montant de vos indemnités journalières peut être réduit.

Depuis le 1^er janvier 2024, la durée des arrêts de travail prescrits par téléconsultation est désormais limitée à 3 jours maximum s’ils ne sont pas prescrits par le médecin traitant.

Calcul et versement :

Les indemnités journalières correspondent à 50 % du salaire journalier de base. Leur montant est calculé sur la moyenne des salaires bruts des 3 mois précédant l’arrêt de travail (ou des 12 derniers mois en cas d’activité saisonnière ou discontinue). 

Le décret du 20 février 2025 prévoit que le salaire de référence pris en compte pour le calcul des indemnités journalières maladie sera plafonné à 1,4 Smic pour les arrêts de travail débutant à compter du 1^er avril 2025. Ainsi, mécaniquement, les IJ maladie vont diminuer pour les salariés ayant un salaire supérieur à 1,4 Smic.

Remarque : pour les arrêts de travail prescrits jusqu’au 31 mars 2025, les modalités d’indemnisation restent inchangées.

Ainsi, le salaire de référence sera pris en compte dans la limite de 2 522,52 € [(11,88 € x 35 x 52 /12) x 1,4], au lieu de 3 243,24 €. Le montant maximum brut d’une indemnité journalière passera ainsi de 53,31 € à 41,47 €.

Ce montant est obtenu de la manière suivante : (2 522,52 € x 3) / 91,25 x 50 %.

Cette modification va entraîner une perte d’indemnisation pour certains salariés et une augmentation de l’indemnisation à la charge de l’employeur en cas de maintien de salaire.

Les indemnités journalières sont versées par la MSA tous les 14 jours, après un délai de carence de 3 jours. Ce délai de carence peut être compensé par l’employeur.

Pendant votre arrêt de travail, des règles sont à respecter :

• Etre présent à votre domicile aux horaires indiqués sur votre arrêt de travail.
• Vous abstenir de toute activité (rémunérée ou non) sans autorisation de votre médecin traitant. En cas de non-respect de cette obligation, vous devez restituer à votre MSA les indemnités journalières perçues.
• Vous soumettre aux contrôles effectués par votre MSA ou par votre employeur. Dans le cas contraire, le montant de vos indemnités journalières peut être réduit ou le versement supprimé.
• Si vous devez séjourner en dehors de votre département, vous devez demander au préalable l’accord de votre MSA.

A noter : Dans certains cas, et si votre état de santé le justifie, votre médecin peut vous autoriser à sortir sans restriction d’horaire (y compris de 9h à 11h et de 14h à 16h) en mentionnant la justification médicale. En l’absence d’informations médicales suffisantes de ces informations d’ordre médical portées sur l’imprimé ou s’il les estime insuffisantes, le médecin-conseil de la MSA peut donner un avis défavorable à ces sorties sans restriction d’horaire.